Jak již bylo v předcházejících bodech k tomuto tématu uvedeno, kromě zmiňovaných důsledků zjištění existence zastřeného pracovněprávního vztahu z pohledu pracovního práva, nelze nezmínit možné a zejména z pohledu zaměstnavatele mnohdy závažné dopady ve vztahu k právu daňovému a to konkrétně k dani z příjmů fyzických osob ze závislé činnosti. Zákon o daních z příjmů č. 586/1992 Sb., ve svém § 6 odst. 1 uvádí svoji vlastní definici pojmu závislá činnost, kdy za tento příjem je považován příjem z pracovního, služebního nebo členského poměru a obdobného poměru, kdy poplatník (zaměstnanec) při výkonu práce je povinen dbát příkazů plátce (zaměstnavatele).
Právě pojem „obdobný poměr“, který není v zákoně dále definován, byl a je nejčastějším předmětem sporů mezi správci daně a firmami (zaměstnavateli) při překvalifikaci obchodně právního vztahu mezi firmami a živnostníky na závislou činnost. Je známo, že již od 90.let minulého století, s rozšířením živnostenského podnikání a zavedením povinných odvodů pro zaměstnavatele za své zaměstnance, se objevovaly střídavě ve větším či menším rozsahu snahy obcházet klasický zaměstnanecký poměr a nahrazovat ho jinými smluvní vztahy obchodněprávními, přestože pracovněprávní předpisy stanovovaly, že právnické a fyzické osoby jsou povinny zajišťovat plnění svých běžný úkolů vyplývajících z jejich předmětu činnosti, až na výjimky, pouze prostřednictvím svých zaměstnanců. Správci daně se proto často snažili obchodní smlouvy mezi firmami a živnostníky, zejména v případech, kdy si firmy najímaly tyto živnostníky na činnosti, které měly zapsány ve svém předmětu činnosti, vyhodnocovat nikoliv jako vztah mezi podnikateli, ale jako vztah mezi zaměstnavatelem a zaměstnancem. Firmám byla doměřována z odměn vypláceným těmto živnostníkům daň ze závislé činnosti, jako kdyby se jednalo o běžné zaměstnance. Hranice pro posouzení, zda činnost živnostníků je fakticky zastřeným pracovně právním vztahem, nebo se jedná o vztah dvou nezávislých subjektů, byla a je mnohdy velice křehká a nejednoznačná a z tohoto důvodu přinesla i řadu soudních sporů mezi správci daně a firmami. Jako zlomové v této oblasti by se dalo označit rozhodnutí Nejvyššího správního soudu č.j. 2Afs 62/2004, kdy zrušil rozhodnutí Městského soudu v Praze, který zamítl žalobu proti rozhodnutí Finančního ředitelství pro hl.m. Prahu týkajícího se doměření daně ze závislé činnosti. Jednalo se o rozhodnutí, kdy finanční úřad doměřil daň z titulu zastřeného pracovněprávního vztahu (použití tzv. Švarc systému).
Nejvyšší správní soud judikoval: „Zákonné vymezení prostřednictvím pouhého plnění příkazů plátce, obsažené v ustanovení § 6 odst. 1 písm. a) zákona o daních z příjmů, se jeví jako nedostačující a neschopné postihnout všechny reálně možné případy. Vymezení zákonného termínu „závislá činnost“ nemůže být redukováno toliko na činnost vykonávanou podle příslušných pokynů, nýbrž musí se jednat o činnost skutečně závislou na osobě plátce. Definiční prvek závislosti tak bude dán zejména povahou vykonávané činnosti a také tehdy, pokud se bude jednat o činnost dlouhodobou a kdy k uzavření pracovněprávního vztahu mělo dojít především v zájmu osoby, tuto činnost vykonávající. Tyto skutečnosti musí akceptovat i aplikace daňových předpisů, neboť v opačném případě by představovala nelegitimní zatěžující prvek soukromé sféry.“
V reakci i na toto rozhodnutí Nejvyššího správního soudu a nejasnosti ve vymezení pojmu „závislá činnost“ pro daňové účely, vydalo Ministerstvo financí ČR dosud platný pokyn D-285. Pokyn zdůrazňuje, že z pohledu zákona o daních z příjmů není rozhodující, na základě jakého právního vztahu poplatníkovi příjmy plynou, ale to, zda se jedná o činnost skutečně závislou na osobě plátce. Závislost je třeba posuzovat podle povahy vykonávané činnosti, znaků a okolností, za kterých je práce vykonávána, a podle toho, zda na uzavření pracovněprávního vztahu je dán zájem obou smluvních stran. Ministerstvo financí konstatuje v souladu s výše uvedeným judikátem, že pro vymezení pojmu „závislá činnost“ nestačí pouze jediné kritérium obsažené v zákoně o daních z příjmů (§ 6 odst. 1 písm. a) – činnost vykonávaná podle příslušných příkazů a pokynů), neboť není schopné postihnout všechny reálně možné případy.
Pokyn Ministerstva financí uvádí nejčastější znaky a okolnosti indikující vztah závislé činnosti: plátce příjmu přímo či nepřímo ukládá úkoly, řídí a kontroluje fyzickou osobu a nese odpovědnost související s její činností fyzická osoba má ve vztahu k plátci příjmu obdobné postavení jako zaměstnanec odměna za práci je vypočítána na základě délky pracovní doby nebo obdobným způsobem běžným při odměňování osoby v pracovněprávním vztahu, materiál, pracovní pomůcky, stroje a zařízení potřebné pro výkon činnosti jsou fyzické osobě poskytovány plátcem příjmu vztah mezi plátcem příjmu a fyzickou osobou je dlouhodobý anebo soustavný, resp. fyzická osoba vykonává činnost dlouhodobě pouze pro jednoho plátce příjmu, a to osobně nebo prostřednictvím spolupracující osoby ve smyslu § 13 zákona o daních z příjmu.
Ve světle těchto rozhodnutí a pokynů a následně po novele zákoníku práce v roce 2007 částečně snížil zájem správců daně o tuto oblast, v žádném případě to ale neznamenalo, že by tato oblast nebyla kontrolována a postihována.
Je ovšem zřejmé, že s novelou zákoníku práce účinnou od 1.1.2012 a s novým vymezením závislé práce a jistě i v zájmu zajištění příjmů státu, se vztahy mezi firmami a živnostníky stanou opětovně bodem zájmu finanční správy. Firmy a živnostníci by si proto měli při uzavírání svých obchodních vztahů uvědomit, zda budou schopni obhájit vzájemnou „nezávislost“ v rámci vymezených znaků závislé práce (činnosti). Je třeba mít na zřeteli, že v případě, že správce daně vztah mezi firmou a živnostníkem posoudí jako zastřený pracovněprávní vztah, stanoví firmě, jako potencionálnímu zaměstnavateli, k přímému placení daň ze závislé činnosti z odměny, která byla živnostníkům vyplacena. Platí rovněž, že odměna, která byla živnostníkovi poukázána (vyplacena), je posuzována jako odměna po všech odvodech, tj. jako čistá mzda (pro výpočet daně ze závislé činnosti se bude používat brutace základu daně pro výpočet nesražené zálohy na daň z příjmů ze závislé činnosti). Při současné konstrukci výpočtu daně ze závislé činnosti, tj. výpočtu ze základu daně z tzv. superhrubé mzdy (tj. hrubá mzda zaměstnance + pojistné na sociální a zdravotní pojištění hrazené zaměstnavatelem za zaměstnance) pak takto stanovená daň může pro firmu spolu s příslušnými sankcemi za pozdní odvod a zákonnými odvody na sociální a zdravotní pojištění znamenat značné finanční zatížení. Ke zdanění na straně firmy/zaměstnavatele, v případě prokázání zastřeného pracovněprávního vztahu, dojde bez ohledu na to, že živnostník podal a uhradil daň z vyplacených odměn v rámci svého přiznání jako fyzická osoba. Za odvod daně ze závislé činnosti je zodpovědný zaměstnavatel (jakožto plátce daně) a z tohoto důvodu by mu odpovídající daň byla vždy předepsána k přímému placení.
Z výše uvedeného tedy vyplývá, že i v případě, že se strany obchodní smlouvy snaží zastřít pracovněprávní vztah, budou příjmy živnostníka daněny obdobně, jak je tomu u zaměstnance, pracujícího na základě pracovněprávního vztahu, přičemž výše zmíněný pokyn ministerstva financí a metodika finančních úřadů při zjišťování výše příjmů ze závislé činnosti jsou samozřejmě určitým vodítkem a inspirací, jak posuzovat předmětné smluvní vztahy, přestože pojem „závislá činnost“ definovaný zmíněným zákonem o daních z příjmů není obsahově ani z hlediska výkladu zcela totožný, jako pojem „závislá práce“ definovaný zákoníkem práce.