V praxi se mnohdy setkáváme s tím, že zaměstnavatelé si v oblasti cestovních náhrad nejsou jisti správným postupem a dopouštějí se chyb, a to i přesto, že z právního hlediska není problematika cestovních náhrad zaměstnanců nijak zásadně komplikovaná.
Největší problémy činí správné rozlišení mezi „místem výkonu práce“ a „pravidelným pracovištěm“. Přestože často bude konkrétní místo výkonu práce současně i pravidelným pracovištěm zaměstnance, tedy v tom případě mezi nimi nebude z faktického hlediska žádný rozdíl, nelze tyto pojmy zaměňovat, když místo výkonu práce může mít větší územní rozsah, než pravidelné pracoviště. Zákoník práce přitom přiznává zaměstnanci nárok na cestovní náhrady nejen v případě pracovní cesty (tedy kdy se zaměstnanec pohybuje mimo místo výkonu práce), ale i v případě, kdy se zaměstnanec sice pohybuje v rámci místa výkonu práce, ale kdy je mimo své pravidelné pracoviště.
Pravidelným pracovištěm je míněno místo, kde zaměstnanec zpravidla nejčastěji fakticky vykonává práci pro zaměstnavatele. Jedná se v podstatě o „výchozí místo pro výpočet cestovních náhrad“. Pravidelné pracoviště je možné sjednat v pracovní smlouvě, ale není to nezbytnou podmínkou. Vztah místa výkonu práce a pravidelného pracoviště je takový, že v zásadě je možné obě upravit v pracovní smlouvě samostatně, přičemž pravidelné pracoviště bude z logiky věci zpravidla vždy umístěno v rámci územního rozsahu místa výkonu práce. Pravidelné pracoviště pro účely cestovních náhrad přitom není možné sjednat šířeji, než území jedné obce. Platí přitom, že pokud pracovní smlouva neobsahuje ustanovení o pravidelném pracovišti zaměstnance, uplatní se pro účely cestovních náhrad zákonná domněnka, že pravidelným pracovištěm zaměstnance je místo výkonu práce sjednané v pracovní smlouvě. Pokud je však místo výkonu práce v pracovní smlouvě stanoveno šířeji než území jedné obce, uplatní se naopak zákonná domněnka, že pravidelným pracovištěm je v tomto případě obec, ve které nejčastěji začínají cesty zaměstnance za účelem výkonu práce.
V této souvislosti je třeba upozornit na to, že může nastat situace, kdy nebude správně vyhodnoceno pravidelné pracoviště zaměstnance, a zaměstnanci budou vyplaceny cestovní náhrady, na které však při správném vyhodnocení pravidelného pracoviště v souladu se zákonem nebude mít nárok. V takovém případě by potom nešlo o cestovní náhrady, ale ve skutečnosti by bylo zřejmě nutné posoudit vyplacenou částku jako součást příjmů zaměstnance ze závislé činnosti, a to včetně daňových důsledků.
Je tedy patrné, že pro účely cestovních náhrad je klíčovou otázkou určení místa pravidelného pracoviště zaměstnance, které sice bude v mnoha případech totožné s místem výkonu práce dle pracovní smlouvy, nicméně tomu tak být nemusí a v případě, kdy územní rozsah msta výkonu práce přesahuje obvod jedné obce, tomu tak ani být nemůže.